Įsigaliojus Dokumentų ir archyvų įstatymo 10 ir  11 straipsnių pakeitimams ir Dokumentų tvarkymo ir apskaitos taisyklėms (26 punktas), įstaigoms nedraudžiama dokumentacijos plano pastabų skiltyje nurodyti įstaigos naudojamoje informacinėje sistemoje rengiamus, gaunamus, prieinamus ar saugomus dokumentus, t. y nėra keliamas reikalavimas tokio pobūdžio dokumentus registruoti dokumentų valdymo sistemoje ar spausdinti ir dėti į popierines bylas. Taigi, informacinėje sistemoje „E. sąskaita“ išrašomos, pateikiamos ir gaunamos elektroninės sąskaitos faktūros, vadovaujantis Dokumentų tvarkymo ir apskaitos taisyklių 15 punktu, užtikrina galimybę identifikuoti dokumento sudarytoją, dokumento pavadinimą (antraštę), dokumento datą ir registracijos numerį, yra saugomos nustatytą laikotarpį valstybės informacinėje sistemoje ir papildomai / atskirai jų archyvuoti nereikia.

Vadovaujantis Lietuvos Respublikos teisės aktais, IS „E. sąskaita“ nuostatais, duomenys IS „E.sąskaita“ duomenų bazėse saugomi dešimt kalendorinių metų. Pasibaigus duomenų saugojimo terminui, t. y. vienuoliktais kalendoriniais metais, duomenys sunaikinami sistemos valdytojo nustatyta tvarka (Dokumentų tvarkymo ir apskaitos taisyklėse nustatytos formos dokumentų naikinimo aktai nėra rengiami, kadangi nėra prievolės juos rengti ir (ar) derinti). 

Taip pat IS „E. sąskaita“ užtikrintas Lietuvos Respublikos pridėtinės vertės mokesčio įstatymo 78 str. „Apskaita ir dokumentų saugojimas“ reikalavimas, užtikrinantis apmokestinamųjų asmenų prievolę saugoti dokumentus tokios formos (rašytinės ar elektroninės), kokios jie buvo išsiųsti ar pateikti, ir užtikrinti, kad per visą dokumentų saugojimo laikotarpį būtų išlaikytas PVM sąskaitų faktūrų kilmės autentiškumas ir turinio vientisumas.